機能性表示の届け出には、規定により販売開始の６０日前までに書類の提出が求められています。
（機能性表示についてはこちら）
この間に、消費者庁ホームページで情報が公開され、販売に至るというのが基本的な流れですが、実際のスケジュール感はどのような形になるのか、確認してみました。

書類の確認に要する日数

（※特定保健用食品等との誤認防止のため、ここでは審査ではなく”確認”、”OK”という文字を使います。）
まず、この６０日前の定義ですが、これは消費者庁によって書類の確認が行われ、機能性表示食品の届け出書類としてOKがでた書類の提出日が起算になります。
したがって、書類不備などがあって差し戻された場合、この提出日から６０日後に販売開始はできず、いちどリセットされると考えると分かりやすいかと思います。

もし、今日提出した書類が、一度の提出でOKがでた場合は６０日後から販売開始が可能となります。
ただし、現在のところ書類の確認に５５日程かかるそうで、今日提出してもOKが出るのは５５日後となります。残り５日間でパッケージの印刷等の諸準備が全てできるのであれば、それは可能ですが実際は難しいでしょう。
この書類確認はOKでも差し戻しでも５５日程度の時間がかかるようです。

大まかな流れ

上記のように、消費者庁でかなりの日数が必要になります。
したがって、流れとしては以下のようになります。

機能性表示食品提出用IDの登録
登記簿謄本などの提出が必要です。ここで最低でも数日は必要
機能性表示食品の書類を提出
WEBで提出。ここまでに全ての書類が整っていることが前提
消費者庁によって書類の確認
ここで提出から５５日程度が必要
消費者庁から書類確認の可否の通知
OKであれば、最短でここから５日後（確認期間が５５日の場合）から発売開始が可能。
差し戻しの場合、書類提出に戻る
パッケージ印刷などの工程に進む
消費者庁によってパッケージ全体の確認があるため、ここまでの間で印刷するとロスになることがあります。
機能性表示食品の発売開始
すべての準備が整ったら、発売開始ができます。工程上、実際にはOKの通知からもっと日数が必要になるでしょう。
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機能性表示の届け出から販売開始までのスケジュール感
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機能性表示の届け出から販売開始までのスケジュール感
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機能性表示の届け出から販売開始までのスケジュール感
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chefplus.net